Když společnost Apple vydala svůj první iPhone, neměli jeho majitelé možnost obohatit svou sbírku aplikací o software třetích stran. Součástí smartphonu byla hrstka předinstalovaných aplikací, mezi nimiž byla například mobilní verze webového prohlížeče Safari, mediální přehrávač, aplikace YouTube nebo třeba mapy. App Store byl spuštěn až v červenci roku 2008, a spolu s aplikacemi třetích stran pomalu narůstal také počet nativních aplikací od Applu. Od dob příchodu prvního iPhonu se jejich počet více než zdvojnásobil.
První aplikace
Spolu s prvním iPhonem v roce 2007 se uživatelé dočkali řady nativních aplikací. Samozřejmostí byla aplikace Phone, Mail, mobilní verze prohlížeče Safari, iPod pro přehrávání hudebních a video souborů, Messages pro zasílání a přijímání zpráv, iTunes Store, na kterém si uživatelé mohli zakoupit mediální obsah, aplikace Photos, Camera, YouTube, Stocks pro sledování akcií, Google Maps, Weather, kalkulačka a Notes pro poznámky. Vlastní mapy tehdy Apple ještě neměl, aplikace fotoaparát sloužila skutečně pouze k pořizování fotek – na první iPhone ještě nebylo možné natáčet videa.
Příchod App Store
V roce 2008 se součástí operačního systému pro iPhony stala nová nativní aplikace i online prodejní platforma v jednom – App Store. Uživatelé si v App Storu mohli pořídit také aplikace třetích stran. To ale v žádném případě neznamená, že by společnost Apple rezignovala na tvorbu svých vlastních nativních aplikací. Kromě App Storu přibyla v iPhonech aplikace Kontakty, o rok později se přidal také Kompas a Diktafon (Voice Memos). Rok 2010 byl rokem příchodu iPhonu 4 – prvního iPhonu, který byl konečně vybaven také předním fotoaparátem. Spolu s ním přišla také nativní aplikace FaceTime, s jejíž pomocí mohli uživatelé provádět nejen hlasové, ale i videohovory. Kromě aplikace FaceTime spatřila v roce 2010 světlo světa také platforma Game Center. Game Center je místem, kde si hráči mohou vzájemně porovnávat své výsledky z her, hrát hry pro více hráčů a také vyzývat k hraní své přátele.
Změny v nativních aplikacích
S příchodem roku 2011 začal Apple provádět významnější změny na poli svých nativních aplikací. Mezi nové přírůstky v tomto roce patřily aplikace Photo Booth, Připomínky, Hudba a videa, uživatelé se dočkali také příchodu hlasové asistentky Siri. Novinkou byla také nativní aplikace Newsstand (Kiosek), určená pro shromažďování online verzí periodik a tisku. S příchodem aplikací Hudba a Videa vzal za své nativní iPod. V roce 2012 zmizely z operačního systému iOS nativní aplikace YouTube a Google Maps. Google Maps Apple nahradil vlastními mapami. Co se aplikace YouTube týče, vydala firma oficiální prohlášení, podle kterého Applu skončila licence k této aplikaci. Uživatelé, kteří si chtěli na svém iPhonu pouštět videa na YouTube, se tedy museli spoléhat na jeho webovou verzi v Safari, a společnost Google zároveň začala intenzivně pracovat na vlastní YouTube aplikaci.
Zdraví, Domácnost i práce se soubory
Zatímco v roce 2013 bylo v oblasti nativních aplikací od Applu ticho po pěšině, v roce 2014 firma s velkou slávou představila nativní aplikaci Zdraví. Kromě toho si svou cestu do operačního systému iOS našly také Tipy, iBooks (později přejmenované na Apple Knihy) a Podcasty. O rok později spolu s příchodem Apple Watch firma představila také aplikaci Watch a s ní související nástroj Aktivita, kromě nich se uživatelé dočkali také aplikací Najít iPhone, Hledat přátele, iCloud Drive, Wallet, a ve vybraných regionech také aplikace News. Za své naopak vzaly aplikace Newsstand a Passbook. V roce 2016 spatřila světlo světa nativní aplikace Domácnost pro správu prvků smart home, uvedena byla také aplikace TV. V roce 2017 byla nativní aplikace iCloud Drive integrována do nového nástroje s názvem Soubory, o rok později se nativní iBooks změnily na Apple knihy a přibyla AR aplikace Měření. S příchodem operačního systému iOS 13 se pak uživatelé dočkali aplikací Najít (sloučení Najít iPhone a Hledat přátele) a Zkratky Siri.
Plány do budoucna
Podle nedávné zprávy, zveřejněné na serveru Bloomberg, zvažuje společnost Apple změnu svého přístupu k nativním aplikacím. Firma chce na svých iPhonech i iPadech dát konečně více prostoru vývojářům aplikací třetích stran, a zpřístupnit svůj HomePod i jiným hudebním službám, než je Apple Music. Kvůli nedostatečné vstřícnosti vůči třetím stranám čelil Apple v minulosti opakované kritice. Podle agentury Bloomberg tedy v Applu poslední dobou probíhají diskuse na téma, zda bude uživatelům umožněno nastavit si jako výchozí třeba prohlížeč nebo e-mailového klienta některé ze třetích stran. Cupertinský gigant také zvažuje možnost nastolení méně přísných pravidel, co se týče přístupu hudebních aplikací třetích stran k chytrému reproduktoru HomePod. Dosavadní nemožnost nastavit na iPhonu či iPadu některou z aplikací třetích stran coby výchozí se stala také předmětem vyšetřování nejrůznějších antimonopolních organizací. Společnost Apple se nicméně agentuře Bloomberg odmítla k tomuto tématu vyjádřit.