Apple Pay je novinkou, ktorá zasahuje do peňazí užívateľov a v takom prípade je celkom nemysliteľné, aby tu dochádzalo ku chybám. A predsa sa stávajú – niektorí užívatelia totiž hlásia, že niektoré aplikácie podporujúce Apple Pay majú problém s týmto systémom a pri snahe o zakúpenie nejakého produktu došlo k viacnásobnému zaplateniu jednej transakcie. Problémy boli zaznamenané napríklad v aplikáciách Instacart, ktorá zaplatila za jeden nákup trikrát po sebe a to isté sa stalo Molly Woodovej z New York Times aj pri použití aplikácie Uber, kde za jednu jazdu zaplatila trikrát.
Výhodou v tomto prípade je ale, že Apple stihol opraviť chybu na diaľku ešte v deň, kedy sa tieto chyby prejavili a tak sa už v budúcnosti nebudú objavovať. Ďalšou pozitívnou správou je, že tohto problému si boli vývojári vedomí a potvrdili, že aj keď sa objavujú tri rôzne transakcie, v skutočnosti bude strhnutá len jedna a nedôjde k tomu, aby človek zaplatil trojnásobne viac za to, že platil s iPhonom. V čom však bol problém? Apple k problému povedal toľko, že sa jednalo o chybu vo formátovaní, ktorú už odstránil. Lenže problémy môžu spočívať aj v tom, že niektoré aplikácie vyžadujú prihlásenie sa, čo v prípade, že človek najprv spravil nákup a potom ho aplikácia požiadala o prihlásenie, mohlo vyústiť do toho, že aplikácia spravila viackrát tú istú transakciu. Lenže niektorí si všimli aj iné jednorázové chyby. Owen Thomas z ReadWrite narazil napríklad na problém, kvôli ktorému si nemohol pridať kreditnú kartu do Apple Pay preto, lebo bola pripojená k účtu iTunes Account a keď chcel do Apple Pay naskenovať inú kartu pomocou fotoaparátu, zobrazilo mu inú kartu. Tu je však možné, že ide o chybu banky a nie o chybu systému.
